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质谱设施 - 服务

小分子表征/验证

High-resolution mass spectrometry can be used to determine the molecular formula of new chemical entities.  When synthesizing compounds or characterizing natural products, metabolites or other new compounds a high-resolution, accurate mass spectrum can be used to determine the compound’s chemical formula.  High-resolution mass spectrometry and NMR are key steps in publishing new chemical structures.  At the AIC MS-Facility we have two, high-resolution mass spectrometers, a Bruker MaXis time-of-flight spectrometer and a Thermo Q-Exactive Orbitrap spectrometer.  Both of these instruments are capable of mass measurements with sub-ppm mass accuracy and broadband resolution (FWHM) >60,000.  This is sufficient for assigning formulae for most compounds up to ~500 Da.  These spectrometers are also capable of MS/MS for structural analysis for further structural validations.

的vermurafenib表示质子化(490.07929米/ Z)的质量和sodiated(512.06114米/ Z)峰的高分辨质谱显示在左侧。右边是潜在的元素组成的列表中确定使用布鲁克智能式软件和考虑C,H,O,N,S,Cl和F。正确的组合物是在第一〜30个可能的公式的列表上。

的vermurafenib表示质子化(490.07929米/ Z)的质量和sodiated(512.06114米/ Z)峰的高分辨质谱显示在左侧。右边是潜在的元素组成的列表中确定使用布鲁克智能式软件和考虑C,H,O,N,S,Cl和F。正确的组合物是在第一〜30个可能的公式的列表上。

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威罗菲尼的与父(由蓝色菱形表示)和碎片离子高分辨率串联MS谱。还示出是表示注释的结构,其中分片发生,以产生所观察到的离子。


小分子定量

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的LC / MS / MS从右啡烷和右美沙芬的定量分析色谱图。计算峰(虚线蓝色区域)的区域在这两个校准物和实验样品分析物和它们的氘化的内部标准。

通常重要的是要确定有多少药物,代谢物或内源性组分的存在于样品中。液相色谱偶联质谱法提供了可靠的方法来定量,特别是对于缺乏良好的发色团的物质。在AIC-MS设备具有可用于定量两个系统。我们的水域ACQUITY UPLC系统可以耦合到我们的AB / SCIEX Q-陷阱5500为传统的三重四极杆定量。一个替代方案是使用我们的耦合到我们的Q-exactive轨道阱质谱仪进行高分辨率分析DIONEX RSLC系统。这两个系统可用于传统的下面积的曲线定量。在这些测定中既实验样品和校准样品用内标并且被装配,并用于确定实验样品中分析物的水平相对于内标分析物的校准曲线进行处理。这种类型的定量是在药动学和药效学(PKPD),药物化学结构优化,吸收,分布,代谢和排泄(ADME)的分析和观察内源性小分子的水平的各种治疗效果特别有用。

Calibration curves for Dextromethorphan (upper) and Dextrorphan (lower). Plotting the relative area (analyte:internal standard) generates a calibration curve that can be fitted with a weighted (1/x), quadratic curve. The curves show excellent R values >0.999. This was used in a laboratory exercise correlating the pharmacokinetic phenotype (ratios of metabolite to analyte from urine samples) with genotype for CYP2D6, a drug metabolizing enzyme.

Calibration curves for Dextromethorphan (upper) and Dextrorphan (lower). Plotting the relative area (analyte:internal standard) generates a calibration curve that can be fitted with a weighted (1/x), quadratic curve. The curves show excellent R values >0.999. This was used in a laboratory exercise correlating the pharmacokinetic phenotype (ratios of metabolite to analyte from urine samples) with genotype for CYP2D6, a drug metabolizing enzyme.


Protein/Large Molecule Characterization & Validation

质谱还可以用于表征较大的分子。高分辨质谱可以用来审问完整蛋白质等大分子物质,所谓“自上而下”毫秒。在AIC布鲁克明讯时间飞行质谱仪可用于看纯化的蛋白在65000 DA的质量范围。这将告诉我们,如果在理论和观测群众匹配。从理论的差异可以指示不同类型的修饰。修饰的确切位置可以经常通过消化的蛋白质用胰蛋白酶和液相色谱 - 串联质谱(肽的分离和断裂然后测量片段的质量)进行阐述。这个LC / MS / MS也可以用来识别未知的蛋白质,研究人员可以在共同immunopreciptations或其他实验发现。我们最近使用的LC / MS / MS验证,目前正在临床疫苗试验用于魏斯曼生物基金的客户过度表达,重组蛋白的身份。


蛋白质/蛋白质定量

它往往是重要的是了解细胞或有机体如何药物,或应对环境变化。经常细胞蛋白的补充将根据这些扰动而改变。了解这些变化可以洞察响应的机制的细节。在AIC-MS设施我们可以通过液相色谱 - 串联质谱(LC / MS / MS)使用相对定量蛋白质组学评估响应于药物或其他治疗的全球变化。我们准备从处理和未处理的条件下蛋白提取物,消化与胰蛋白酶的蛋白质和运行我们的nacquity / Q-exactive复制LC / MS / MS分析。我们再使用筛软件包,以确定在运行观察到的肽,并进行区域下的曲线的统计比较。每个观测到的肽的提取离子色谱被构造和处理的和对照样品中的相对面积进行比较。最终此分析提供鉴定的蛋白质,并在两个(或多个)条件下它们的相对倍数变化的列表。鉴定蛋白质的这些名单与他们的监管变化然后可以进一步分析常见的酶或调节途径。

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六个重复处理(红色)和对照(蓝色)。LC / MS / MS基峰色谱对准和归一化之后的叠加。如果样本已适当地准备,我们通常看到的BPC明显一些差别不错对齐。

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的6次重复提取离子色谱叠加。在每个运行看到一个单独的肽离子的提取离子色谱图被覆盖示出上调的肽离子。理想地对每个蛋白质的多个肽将观察到的,允许在多个肽倍数变化多次测量。数据可以导出到Excel电子表格,并使用不同类型的软件在进一步途径分析使用。